Struktura organizacyjna Prokuratury Okręgowej w Warszawie oraz zadania komórek organizacyjnych zostały uregulowane w zarządzeniu Prokuratora Okręgowego w Warszawie nr 50/16 z dnia 20 maja 2016 roku.
Kierownictwo Prokuratury Okręgowej w Warszawie stanowią Prokurator Okręgowy w Warszawie oraz trzech Zastępców Prokuratora Okręgowego w Warszawie, w tym jeden do spraw wojskowych.
W Prokuraturze Okręgowej w Warszawie utworzono następujące komórki organizacyjne:
1. Wydział I Śledczy obejmuje zakresem swego działania:
1) prowadzenie śledztw własnych i nadzorowanie śledztw powierzonych innym organom w sprawach o poważne przestępstwa o charakterze kryminalnym i przestępstwa z rozdziału XXXIII Kodeksu karnego, oraz inne postępowania przydzielone do prowadzenia bądź nadzorowania,
2) sporządzanie wniosków o wznowienie postępowania w sprawach prowadzonych w Wydziale,
3) podejmowanie decyzji w przedmiocie podjęcia na nowo prowadzonych postępowań,
4) nadzór nad zgodnością z prawem inicjowania i przeprowadzania czynności operacyjno-rozpoznawczych przez organy ścigania w zakresie przewidzianym w ustawie o Policji i innych ustawach,
5) wykonywanie czynności oskarżyciela publicznego przed sądami,
6) sprawowanie zwierzchniego nadzoru służbowego i kontroli nad śledztwami i dochodzeniami prowadzonymi w prokuraturach rejonowych.
2. Wydział II d/s Przestępczości Gospodarczej obejmuje zakresem swojego działania:
1) prowadzenie śledztw własnych i nadzorowanie postępowań przygotowawczych o przestępstwa określone w ustawie o ofercie publicznej, ustawie o obrocie instrumentami finansowymi, ustawie o funduszach inwestycyjnych, ustawie o giełdach towarowych,
2) prowadzenie i nadzorowanie postępowań przygotowawczych o skomplikowanym stanie faktycznym lub prawnym dotyczących błędów medycznych, których skutkiem jest ciężkie uszkodzenie ciała człowieka,
3) prowadzenie i nadzorowanie postępowań przygotowawczych o przestępstwa z wykorzystaniem Internetu oraz zaawansowanych technologii i systemów informatycznych o skomplikowanym stanie faktycznym lub jeżeli wartość szkody wyrządzonej przestępstwem przekracza kwotę o której mowa w art. 115 § 2 kk, a także prowadzenie śledztw własnych i nadzorowanie innych postępowań przygotowawczych przydzielonych do prowadzenia bądź nadzorowania,
4) sporządzanie wniosków o wznowienie postępowania w sprawach prowadzonych w Wydziale,
5) podejmowanie decyzji w przedmiocie podjęcia na nowo prowadzonych postępowań,
6) nadzór nad zgodnością z prawem inicjowania i przeprowadzania czynności operacyjno-rozpoznawczych przez organy ścigania w zakresie przewidzianym w ustawie o Policji i innych ustawach,
7) sprawowanie zwierzchniego nadzoru służbowego i kontroli nad śledztwami i dochodzeniami prowadzonymi w prokuraturach rejonowych,
8) wykonywanie czynności oskarżyciela publicznego przed sądami.
3. Wydział III d/s Przestępczości Gospodarczej obejmuje zakresem swojego działania:
1) prowadzenie śledztw własnych i nadzorowanie śledztw powierzonych innym organom w sprawach o poważne przestępstwa przeciwko obrotowi gospodarczemu i inne postępowania przydzielone do prowadzenia bądź nadzorowania, w szczególności przestępstwa o charakterze gospodarczym,
2) o przestępstwa popełnione przez funkcjonariuszy publicznych, za wyjątkiem przestępstwa łapownictwa,
3) sporządzanie wniosków o wznowienie postępowania w sprawach prowadzonych w Wydziale,
4) podejmowanie decyzji w przedmiocie podjęcia na nowo prowadzonych postępowań,
5) nadzór nad zgodnością z prawem inicjowania i przeprowadzania czynności operacyjno-rozpoznawczych przez organy ścigania w zakresie przewidzianym w ustawie o Policji i innych ustawach,
6) wykonywanie czynności oskarżyciela publicznego przed sądami,
7) prowadzenie i nadzorowanie postępowań przygotowawczych w sprawach o przestępstwa finansowo-skarbowe nie będące we właściwości Prokuratury Regionalnej,
8) sprawowanie zwierzchniego nadzoru służbowego i kontroli nad śledztwami i dochodzeniami prowadzonymi w prokuraturach rejonowych.
4. Wydział V Organizacyjny obejmuje zakresem swego działania zadania z zakresu:
1) organizacji i spraw kadrowych,
2) szkoleń prokuratorów i pozostałych pracowników Prokuratury Okręgowej i podległych jednostek organizacyjnych,
3) dokonywania ocen kwalifikacyjnych urzędników i innych pracowników Prokuratury Okręgowej i podległych prokuratur rejonowych,
4) odpowiedzialności dyscyplinarnej prokuratorów i pracowników prokuratury,
5) skarg i wniosków,
6) udostępniania informacji publicznej,
7) działalności rzecznika prasowego,
8) sprawozdawczości i statystyki,
9) nadzoru nad biurowością i pracą sekretariatu,
10) koordynacji zadań w zakresie kontroli zarządczej w Prokuraturze Okręgowej w Warszawie i podległych jednostkach organizacyjnych,
11) wykonywania zadań nieobjętych właściwością innych komórek organizacyjnych.
12) przeprowadzanie – w uzgodnieniu z jednostką nadrzędną – wizytacji, lustracji i badań akt oraz innych działań o charakterze kontrolnym i analitycznym,
13) sprawowanie nadzoru instancyjnego w zakresie środków odwoławczych rozpoznawanych przez prokuratora nadrzędnego oraz innych form nadzoru procesowego,
14) sprawowanie nadzoru służbowego i kontroli nad śledztwami i dochodzeniami prowadzonymi w prokuraturach rejonowych,
15) koordynowanie działalności w zakresie ścigania przestępstw, prowadzonej przez inne organy,
16) kształtowanie praktyki w zakresie zwalczania przestępczości na podstawie badań akt, analiz informacji przekazywanych przez prokuratury rejonowe oraz innych ustaleń,
17) rozstrzyganie sporów kompetencyjnych,
18) obrót prawny z zagranicą,
19) prowadzenie i nadzorowanie postępowań przygotowawczych zleconych przez prokuratora okręgowego oraz sprawowanie funkcji oskarżyciela publicznego przed sądami.
5. Wydział VI Sądowy obejmuje zakresem swego działania:
1) udział prokuratorów w postępowaniu przed sądem okręgowym oraz okręgowym sądem odwoławczym w sprawach karnych, cywilnych, ze stosunku pracy, ubezpieczeń społecznych, gospodarczych oraz w sprawach o wykroczenia i w innych postępowaniach przewidzianych przez ustawy,
2) nadzór nad udziałem prokuratorów prokuratur rejonowych w postępowaniu przed sądem,
3) udział prokuratorów w postępowaniu administracyjnym, przed sądami administracyjnymi oraz w innych postępowaniach,
4) udział prokuratorów przed sądem w postępowaniu wykonawczym i w postępowaniu o ułaskawienie,
5) kształtowanie praktyki prokuratorskiej w zakresie postępowania sądowego,
6) analiza orzecznictwa Sądu Okręgowego oraz badanie zasadności i poziomu środków zaskarżenia wnoszonych przez podległe jednostki organizacyjne,
7) udział w sprawach przed Sądem I instancji wyznaczonych przez Prokuratora Okręgowego w Warszawie,
8) prowadzenie i nadzorowanie postępowań przygotowawczych zleconych przez prokuratora okręgowego.
6. Wydział VII Budżetowo-Administracyjny obejmuje zakresem działania:
1) zapewnienie prawidłowego wykonywania zadań i funkcji przez dysponenta budżetu trzeciegostopnia,
2) prowadzenie rachunkowości,
3) zapewnienie prawidłowego wykonywania zadań związanych z udzielaniem zamówień publicznych,
4) obsługę administracyjno-gospodarczą,
5) prowadzenie inwestycji i remontów,
6) prowadzenie spraw socjalno-bytowych,
7) zapewnienia ochrony przeciwpożarowej oraz bezpieczeństwa i higieny pracy.
7. Wydział VIII do spraw Wojskowych obejmuje zakresem swojego działani:
1) prowadzenie i nadzorowanie postępowań przygotowawczych powierzonych innym organom w sprawach o czyny zabronione wyczerpujące znamiona przestępstw, dla których właściwy jest wojskowy sąd okręgowy oraz innych w tym również zleconych do prowadzenia przez Zastępcę Prokuratora Generalnego do Spraw Wojskowych lub prokuratora okręgowego,
2) sporządzanie wniosków o wznowienie postępowania w sprawach prowadzonych w Wydziale,
3) podejmowanie decyzji w przedmiocie podjęcia na nowo prowadzonych postępowań,
4) w zakresie udzielonego przez Zastępcę Prokuratora Okręgowego do Spraw Wojskowych upoważnienia - nadzór nad zgodnością z prawem inicjowania i przeprowadzania czynności operacyjno-rozpoznawczych przez organy ścigania w zakresie przewidzianym w ustawie o Żandarmerii Wojskowej,
5) wykonywanie czynności oskarżyciela publicznego przed sądami powszechnymi i wojskowymi,
6) sprawowanie zwierzchniego nadzoru służbowego i kontroli nad śledztwami i dochodzeniami prowadzonymi w prokuraturach rejonowych.
8. Samodzielny Dział do spraw Informatyzacji i Analiz, obejmuje zakresem swojego
działania:
1) opracowywanie planów rozwoju informatyzacji w Prokuraturze Okręgowej i podległych jednostkach rejonowych zgodnie z kierunkami określonymi przez Prokuraturę Krajową,
2) koordynowanie działań zapewniających prawidłowe funkcjonowanie systemów informatycznych w Prokuraturze Okręgowej i podległych prokuraturach rejonowych,
3) zapewnienie obsługi informatycznej i administrowania systemami informatycznymi w Prokuraturze Okręgowej,
4) opracowywanie w uzgodnieniu z Wydziałem Budżetowo-Administracyjnym projektu budżetu w zakresie wdrażania lokalnych rozwiązań informatycznych,
5) współpracę z Wydziałem Budżetowo-Administracyjnym w zakresie przygotowywania wniosków o wszczęcie zamówienia publicznego na zakup sprzętu lub usług informatycznych,
6) opracowywanie projektów regulacji prawnych dotyczących wdrażania i utrzymania systemów informatycznych w Prokuraturze Okręgowej, uwzględniających rozwiązania mające na celu zapewnienie bezpieczeństwa systemów informatycznych i przetwarzanych w nich danych i koordynację takich działań w prokuraturach podległych,
7) współpraca z Administratorem Bezpieczeństwa Informacji oraz Pełnomocnikiem do spraw Ochrony Informacji Niejawnych przy wdrażaniu polityki bezpieczeństwa informacji,
8) wykonywanie analizy kryminalnej,
9) administrowanie i obsługa stanowiska dostępowego do Krajowego Centrum Informacji Kryminalnych, Systemu Informacyjnego Schengen, Krajowego Rejestru Karnego, Centralnej Bazy Danych Systemu Informatycznego Prokuratury i innych zewnętrznych baz danych,
10) administrowanie stroną internetową i Biuletynem Informacji Publicznej Prokuratury Okręgowej w Warszawie,
11) administrowanie elektroniczną skrzynką podawczą Prokuratury Okręgowej w Warszawie i prokuratur rejonowych na platformie ePUAP,
12) obsługę techniczną czynności informatycznych wykonywanych w postępowaniu karnym,
13) obsługę wideokonferencji,
14) prowadzenie ewidencji sprzętu komputerowego i oprogramowania,
15) wykonywanie czynności związanych z digitalizacją akt,
16) obsługa systemów bilingowych,
17) wykonywanie zadań określonych w art. 3 § 1 pkt. 1 ustawy – Prawo o prokuraturze.
18) wykonywanie zadań nieobjętych właściwością innych komórek organizacyjnych lub wskazanych przez Prokuratora Okręgowego.
9. Samodzielny Dział do spraw Ochrony Informacji Niejawnych obejmujący zakresem
swojego działania ochronę wytwarzanych, przetwarzanych, przekazywanych lub
przechowywanych informacji niejawnych w Prokuraturze Okręgowej w Warszawie
i podległych prokuraturach rejonowych.
Ponadto w Prokuraturze Okręgowej w Warszawie utworzono samodzielne stanowiska pracy :
a) do spraw obronnych,
b) audytora wewnętrznego,
c) administratora bezpieczeństwa informacji.
W Prokuraturze Okręgowej w Warszawie funkcjonuje Sekretariat, do zadań którego należy wykonywanie prac kancelaryjno-biurowych i pomocniczych w sprawach prowadzonych przez prokuratorów.